Музей, входящий в число самых старых в Аргентине, был открыт в 1823 году по инициативе первого президента страны Бернардино Ривадавии.
С 1937 года и по сей день экспозиция располагается в великолепном особняке в итальянском стиле, специально выстроенном для музея. Экспонаты (представители местной флоры, фауны и все, что с ними связано) распределены по 15 выставочным залам и сгруппированы по видовой принадлежности или ареалу обитания.
Особенно интересен «Зал динозавров», где находятся реконструкции скелетов древних ящеров, собранные преимущественно из костей, которые были обнаружены сотрудниками музея в ходе раскопок в Патагонии.
