Хайнбург-ан-дер-Донау некогда был пограничным пунктом. Городок-крепость расположен между Веной и Братиславой, он продолжает оставаться одним из самых восточных городов страны. Здесь сохранились развалины замка XI века и городские ворота. 

Первоначально на месте современного города была столица римской провинции Паннония, где временно проживал император Марк Аврелий. Первое письменное упоминание о поселении было сделано в «Песне о Нибелунгах».

В 1050 году император Генрих III постановил возвести замок Хаймбург (Heimburg) на Замковой горе. С городскими стенами, длиной 2,5 км, тремя сохранившимися воротами и 15 башнями 13 века Хайнбург владеет старейшими и наиболее хорошо сохранившимися фортификационными сооружениями в Европе.

В 1108 году замок Хаймбург перешел во владение Бабенбергов. Во второй половине 12 века он был расширен. В 1220-1225 году укрепления были усилены. Среди прочих были возведены ворота Wienertor,что делает их крупнейшими средневековыми воротами, построенными в Европе. Нижняя часть ворот была построена в первой половине 13 века, а верхняя часть была возведена в 1267-1268 гг. В 1278 году замок перешел во владение Габсбургов. Он остался без внимания и потерял свое значение. В 1629 году Хаймбург был принят в собственность города.

11 июля 1683 года Хайнбург стал участником «Первой османской кампании» (Великий турецкой войны), город был взят, замок был полностью разрушен, укреплениям был причинен серьезный ущерб.

В 1784 году город получил от Иосифа II патент на строительство табачной фабрики, так началась началась обработка табака в Хайнбурге, где до 2011 года производились сигареты и курительный табак. После Второй мировой войны табачная фабрика была практически одним из немногих источников дохода для новой республики.

Хайнбург стоит посреди природного заповедника. Марши (заболоченные участки) вблизи города являются местом гнездовья редких птиц.

В городе находится немало любопытных старинных достопримечательностей, таких как часовня в романском стиле на местном погосте и колонна святой Марии в стиле рококо, стоящая на площади Хауптплатц.