Этот музей с его устрашающей экспозицией расположился в бывшем здании первой варненской больницы, основанной в 1869 году. Собрание скелетов и черепов, относящиеся к X веку, рассказывает о различных методах лечения, в том числе и о таких удивительных способах, как изменение формы головы посредством стягивания и сверление отверстий в головном мозге — трепанации.

Выставка на следующем этаже рассказывает о народной медицине, которая была доступна болгарам во время османского владычества. Здесь можно увидеть хирургические инструменты XIX века и древние смотровые кресла. Здесь расположена аптека образца прошлого столетия.