Издавна земли Эквадора населяли племена индейцев, занимавшиеся охотой, рыболовством и земледелием. Известно, что в конце I тысячелетия до н.э. племена кара, населявшие прибрежные районы, захватили территории в горах, принадлежавшие племенам киту, образовав государство, вошедшее в историю как «царство Киту» В XV в. оно было захвачено инками и стало частью огромной империи Тавантинсуйю. В этот период народ кечуа освоил всю территорию современного Эквадора. Язык кечуа получил широкое распространение, вплоть до наших дней он продолжает оставаться одним из наиболее употребимых в стране.
Европейцы прибыли к берегам Эквадора в первой половине XVI в. В 1520-1530-е годы сподвижники Франсиско Писарро Бартоломе Руис и Себастьян де Белалькасар заняли большую часть территорий современного Эквадора, на месте разрушенного древнего города Кито было начато строительство новой столицы Сан-Франсиско-де-Кито.
Испанцы надеялись отыскать в этих местах легендарный золотой город Эльдорадо, однако поиски завершились неудачей. В пределах Эквадора не было обнаружено ни залежей золота, ни серебряных руд. Впоследствии эти земли были отведены под плантации и пастбища, для работ использовался принудительный труд индейцев, а позднее — чернокожих рабов из Африки. Существенные земельные наделы принадлежали католической церкви.
Национально-освободительные войны и революции начала XIX в. не обошли Эквадор стороной. В августе 1809 г. началось восстание в Кито, год спустя после его подавления, в октябре 1810 г. последовали новые выступления. Окончательное освобождение от власти метрополии произошло в 1822 г. Территорию Эквадора (Кито) заняли колумбийские войска, эти земли стали частью федерации Великая Колумбия (в состав нового государства вошли земли Венесуэлы, Колумбии и современной Панамы).
Эквадор оставался в составе Великой Колумбии до 1830 г. После распада федерации все входившие в ее состав земли получили независимость. 13 мая 1830 г. была принята первая конституция Эквадора. Последующие десятилетия были отмечены борьбой политических группировок за власть. Новое государство пережило несколько военных переворотов и вооруженных восстаний. Зачастую различные политические силы обращались за поддержкой к британским и американским компаниям, и с конца XIX в. влияние иностранных государств на внутреннем рынке существенно усилилось.
Католическая церковь Эквадора, в отличие от церквей других латиноамериканских государств, всегда обладала большим весом в политических конфликтах. Особенно велико было влияние церкви в годы диктатуры Морено (1861-1875 гг.). В этот период были запрещены любые формы вероисповедания, кроме католицизма. За выступление против католической церкви можно было лишиться гражданских прав. Знаменитый писатель Л.А. Мартинес писал о жизни в стране в те годы: «Власть католичества в Кито была абсолютной. Редкие жители столицы решались пропустить ежедневную мессу, во множестве храмов с трудом умещались толпы верующих. В церквях весь год проходили выступления известных проповедников, устраивалось всеобщее отпущение грехов».
Власть политических кругов и церкви была особенно сильна в Кито. Своеобразным центром либеральной оппозиции стал порт Гуаякильи — быстро развивавшийся центр торговли и промышленности.
В 1977 г. наметился переход к конституционному правлению, в 1978 г. всенародным референдумом был одобрен проект новой конституции страны. Но на смену диктатуре Морено пришел не менее жесткий режим Леона Фебреса Кордеро (1984-1988 гг.). Репрессии инакомыслящих приняли невиданные масштабы. Ситуация изменилась в 1988 г. с приходом к власти Демократической левой партии.
Экономический кризис 2000 г. разорил страну. Для стабилизации экономики в 2006 г. было принято решение сделать доллар США второй национальной валютой Эквадора. В 2010 г. прошли массовые выступления протеста, связанные с решением правительства резко сократить социальные выплаты.
