По приказу прусского принца Генриха в 1753 году началось возведение здания Университета. В последующие годы главный корпус и крылья здания претерпели немало изменений. Скульптурные изваяния работы Пауля Отто (1883 год) изображают Вильгельма и Александра Гумбольдта.

В разное время в университете проводили изыскания известные ученые, среди которых — медики Рудольф Вирхов и Роберт Кох, физики Макс Планк и Альберт Эйнштейн. Здесь обучались Генрих Гейне, Карл Маркс и Фридрих Энгельс. В послевоенные годы университет оказался на территории ГДР, что вызвало сложности у студентов из ФРГ. В 1948 году в западной части Берлина открылся новый университет, названный Свободным.