Королевская капелла была построена в 1506-1521 гг. по проекту Энрике де Эгаса для Изабеллы и Фердинанда. Мастер Бартоломе из Хаэна соорудил в капелле великолепную позолоченную алтарную преграду. Кроме того, украшением капеллы служат надгробья из каррарского мрамора с фигурами Изабеллы, Фердинанда, их дочери Хуаны Безумной и ее супруга Филиппа Красивого. Сокровища сакристии — полотна кисти Рогира Ван дер Вейдена и Боттичелли.