Суды инквизиции устраивались в Мексике с конца XVI века, однако Дворец инквизиции появился значительно позже.

Здание с барочным фасадом и великолепным главным двором было возведено в XVIII веке по проекту Педро де Арриента, а в 1970-х годах подверглось реставрации. По углам дворика разместились необычные «висячие» арки, поддерживаемые колоннами со стороны стены.

Сегодня помещения Дворца занимает экспозиция Музея мексиканской медицины. В музейном собрании представлены экспонаты, иллюстрирующие уровень развития медицины в Мексике в доколумбову эпоху, в том числе священные и лекарственные растения.

Отдельная гордость музея — настоящая старинная «аптека» XIX века, привезенная из Оахаки.