Северная часть страны лежит в зоне тропического климата. Среднемесячная температура составляет +25°С в январе и +16°С в июле, за год выпадает до 700 мм осадков.

Южная часть расположена в зоне субтропического климата, температура здесь резко меняется в течение суток (зимой она составляет от +27°С днем, до 0°С — ночью, иногда с заморозками, летом температура поднимается от +46°С днем, до +26-35°С — ночью). В период с сентября по апрель на эти земли приходит сезон дождей, за год выпадает меньше 250 мм осадков.

В ряде районов Калахари, где достаточно влажно, ночью температура опускается ниже 0°С в любое время года. Лучшее время для посещения Ботсваны — местная зима (май — август).