Джибути расположена в северо-восточной части африканского континента, у берегов Аденского залива и Баб-эль-Мандебского пролива.

В северо-западной части страна граничит с Эритреей, в юго-восточной — с Сомали, в южной и юго-западной — с Эфиопией.

Преобладающая форма рельефа — горы (их высота достигает 2022 м) и возвышенности (вулканические плато). Тут много бесплодных пустынь и полупустынь, в восточных регионах (ближе к морскому побережью) лежат равнины, севернее территория поднимается.

Площадь страны составляет 23 200 км².

Растительный мир Джибути беден. Представлены растения пустынь и полупустынь (злаковые травы, различные виды акаций), а также можжевельник, олива, самшит, туя, несколько видов фикусов.

В низколежащих долинах встречаются финиковые пальмы и пальмы дум. В прибрежных районах, а также на островах есть заросли мангра. Здесь водятся антилопы нескольких разновидностей (куду, сасса), гиены и дикие кошки, бородавочники, мангусты и медоеды, морские черепахи и обезьяны, лисицы и шакалы, птицы множества видов (порядка 240), в том числе страусы, рептилии, насекомые и бабочки, а в прибрежных водах в изобилии встречаются крабы, лангусты и рыба.