В 1 в. н.э. на территории современного Джибути проживали кочевые племена афар и исса. В V-VI вв. эти земли были частью государства Аксум, а в VII в. над ними установили контроль арабские султаны.

В XVI в. здесь закрепились португальцы, однако господство европейцев продлилось менее столетия, после чего они были изгнаны арабами. В XIX в. прибрежные территории были включены в состав французских колониальных владений в Африке, они получили название Берег Французское Сомали.

Джибути получила независимость в 1977 г. Политическую жизнь страны определяет противостояние сторонников двух этносов: афар и исса. Афар имели преимущество в колониальный период, исса — в годы независимости. В начале 1990 годов соперничество вылилось в гражданскую войну, продолжавшуюся с 1992 по 2000 год. Результатом стало заключение соглашения о разделе полномочий в верхних эшелонах власти.