Страна лежит в зоне жаркого и влажного экваториального климата. Средняя температура в течении года колеблется от +24°С до +28°С в зависимости от района.

Среднегодовая норма осадков составляет 2000 мм, дожди идут 160 дней в году. Сезон дождей в островной части страны длится с июля по январь, а в континентальной — с апреля по май, а также с октября по декабрь.

Сухой сезон продолжается с мая по сентябрь, засушливо в декабре и январе.

В прибрежной части Масиас-Нгема-Бийого и на возвышенностях среднегодовая температура составляет порядка +18°С, за год выпадает 2500-4000 мм. осадков. В горной части страны еще холоднее. 

Лучшее время для визита в Экваториальную Гвинею — ноябрь — апрель.