Острова Микронезии расположены в зоне морского тропического климата. Сильных межсезонных скачков температуры не наблюдается. Средняя годовая температура днем составляет около +30°С, а ночью +23°С. При таких температурах климат в стране довольно влажный.

На востоке выпадает самое большое количество осадков. На острове Понпеи выпадает около 8400 мм осадков в год, и благодаря этому он считается одним из самых влажных регионов на планете. Средние годовые показатели осадков на островах составляют 3000-6000 мм.

Сезон дождей приходится на апрель — декабрь. В это время дуют юго-западные муссоны.

С января до марта длится сухой сезон с северо-восточными пассатами.

Микронезия — страна зарождения тайфунов. Они появляются в дождливый сезон и несут штормы и ураганные ветра. Зачастую в этот период большая часть атоллов затапливается.