В 1577 году был основан греческий православный храм Богородицы в Пещерах — Панайия Спильётисса. После того расширения нефа и пристройки нового придела, храм был освящен в честь византийской императрицы Святой Феодоры, чьи останки сегодня хранятся в серебряной урне у алтаря. Святые мощи попали сюда так же, как и останки Св. Спиридона. Одновременно с этими событиями в 1841 году святилище обрело статус кафедрального собора.