Епископальную церковь Цилкани в IV веке основал царь Бакар, сын царя Мириана. В дальнейшем эта церковь получила статус кафедральной.

Эта культовая постройка находится в селе Цилкани, в 15 километрах от города Мцхета. Именно отсюда началось распространение христианской религии в Грузии. В нынешний храмовый комплекс входят храм Богородицы и крепость, построенная в VIII веке.

Во время царя Вахтанга Горгасали на месте нынешнего храма была возведена трехнефная базилика. В VII веке она была перестроена в купольный храм. За всю историю существования храм несколько раз обновлялся и перестраивался. В храмовый комплекс входят 3 типа сооружений: церковь, датируемая концом IV века, трехнефная базилика V-VIII века и увенчанный куполом храм.

В конце XIX века храм был отреставрирован. Его внутренние помещения украшены великолепными фресками и лапидарными надписями. В VI веке в Цилкани правил святой епископ Цилканский, один из 13 Ассирийских отцов. Благодаря ему началось строительство поливочного канала «Цилкнис Ру».