Гисеньи находится на берегу озера Киву, он входит в состав округа Рубаву, расположенного в западной части Руанды.

Гисеньи почти соприкасается с городом Гома, принадлежащим соседней  Демократической Республике Конго.

Расположение на берегу одного из самых крупных озер в Африке делает Гисеньи одним из привлекательнейших мест для путешественников со всего мира, а с другой стороны подвергает город постоянной опасности. Озеро Киву находится в районе вулканической активности. Постоянно поднимающиеся из глубины газы делают невозможным обитание в озере крокодилов или болезнетворных организмов. Именно поэтому вдоль песчаных берегов озера выстроились комфортабельные отели и гостиницы, предлагающие постояльцам роскошный, не отягощенный москитами и другими вредителями отдых на песчаных пляжах Киву.

Однако находящийся в 20 км от озера действующий вулкан Ньирагонго с 1882 года извергался уже больше 30 раз, он до сих пор остается активным. Соседний город Гома в 1977 и в 2002 годах подвергался крупным разрушениям в результате вулканических извержений. Власти Гисеньи стараются предпринимать все зависящее для обеспечения безопасности города, однако природная стихия часто оказывается непредсказуемой.

Климат в районе Гисеньи очень благоприятный. Как и вся Руанда, Гисеньи расположен на небольшой возвышенности. Климат здесь экваториальный, температура воздуха круглый год держится в районе +20°С, что благоприятствует отдыху на берегах озера и сельскому хозяйству в окрестных районах. За год местные крестьяне трижды засевают почву и собирают урожай.

На озере предлагают разнообразные водные развлечения и виды спорта. Можно совершить пешую прогулку по живописной местности, прогуляться к находящемуся неподалеку водопаду Ле Чутес де Ндаба или совершить восхождение к вулкану Нйирагонго.

В 10 км от Гисеньи расположен одноименный аэропорт. До города можно добраться из любой точки страны на автобусе.

Гисеньи примечателен тем, что в годы гражданской войны в Руанде и во время геноцида 1994 года именно здесь был организован официальный штаб временного правительства.