В государстве Сан-Томе и Принсипи преобладает экваториальный морской климат.

Средняя температура воздуха в зимние месяцы составляет +26°C, летом среднемесячная температура составляет +23°C. В год на островах выпадает 1000-1100 мм осадков. Горные районы более влажные — здесь выпадает до 3000 мм осадков. Дожди проходят практически круглый год, однако с июня по сентябрь наступает относительно сухой период.

На острове Сан-Томе из-за особенностей рельефа сформировалось несколько зон с уникальным микроклиматом. Максимум дождей на островах выпадает в марте. В этот период дождь идет по 8-12 часов в сутки, при этом температура воздуха не падает ниже +30°C.