На высоте 3700 метров над уровнем моря находится озеро Яшилькуль, что значит «Зелёное озеро». В длину оно достигает 19 км, а его ширина меняется от 1 до 4 км. Максимальная глубина водоема равна 50 метрам. Температура воды Яшилькуль обычно не поднимается выше 14 градусов по Цельсию. Оно чистое и прозрачное. 

На озере ведутся работы по строительству гидроузла, позволяющего регулировать сток воды, необходимой для нужд сельского хозяйства и производства электроэнергии.

Узкая лента протоки соединяет озера Булункуль и Яшилькуль.

В Булункуле, которое значительно меньше Яшилькуля, вода пресная. Именно здесь был основан первый рыбный промысел Памира. Именно в окрестностях озера была зафиксирована самая низкая температура в Центральной Азии — -63°С