Город Эль-Кеф, название которого означает «скала», находится неподалеку от границы с Алжиром, на склонах Джебель-Дира. Территория, где расположен город, была заселена издавна. Во время раскопок здесь были обнаружены орудия труда, относящиеся к эпохе неолита, а также нумидийские гробницы.

По окончании Первой Пунической войны город попал под власть Карфагена. В то время он назвался Сикка. Затем город захватили римляне, которые переименовали его в честь богини Венеры в Сикку-Венерию. После нашествия вандалов город опустел, однако через некоторое время он был восстановлен. В 688 году его захватили арабы.

Название Эль-Кеф город получил в XVI веке, после прихода турок-османов. Эта территория издавна служила предметом конфликтов между Алжиром и Тунисом. В 1881 году Эль-Кеф стал первым оккупированным французами городом. Во время Второй мировой войны в городе разместилась администрация французского протектората. В 1942 году здесь обосновалось временное правительство освобожденного Туниса.