Некогда храм Святого Иоанна Студиона был самым старым культовым строением в городе. До наших дней дошли только наружные стены первого здания с частью украшений, позволяющих судить о красоте церкви в византийскую эпоху.

Храм был выстроен в 463 году по приказу римского патриция Студиона, который был консулом при императоре Марциане (450-57 гг.). Он поддерживал связь с самым влиятельным монастырем Византийской империи, а в конце VIII века превратился в важнейший духовный и образовательный центр. Настоятель Феодор, возглавлявший храм в этот период, впоследствии был причислен к лику святых греческой православной церкви.

В храме долгое время хранилась важная реликвия христианской церкви — голова святого Иоанна Крестителя. Впоследствии она была вывезена участниками Четвертого крестового похода.

Ежегодно 29 августа, в день, когда, по преданию, был обезглавлен Иоанн Креститель, император должен был посетить храм.

В XV веке в помещении храма был открыт университет, а позднее — мечеть. В 1894 году здание было повреждено землетрясением и опустело.

В восточной части храма находится аспида, к которой подходит нартекс. Через нартекс можно пройти во внутренний дворик. Входной портал украшают коринфские капители и скульптурный архитрав.