Монастырь Сан-Марко — одна из главных достопримечательностей Флоренции. После завершения строительства в 1437 году, Козимо Старший пригласил сюда монахов доминиканского ордена. За реконструкцию монастыря, построенного по проекту архитектора Микелоццо, Козимо заплатил значительную сумму. В дальнейшем монастырь был украшен фресками с изображением религиозных сюжетов (около 1438-1445 гг.), которые выполнил флорентийский художник и доминиканский монах Фра Беато Анджелико.

Монастырь и его художественная коллекция формируют Музей Сан-Марко.

Построенный архитектором Микелоццо клуатр Кьостро ди Сант Антонино был назван в честь первого настоятеля монастыря Антонино Пьероцци (1389-1459 гг.), который стал архиепископом Флоренции. Большая часть фресок в этом клуатре выполнена Бернардино Поччетти, который изобразил на них сцены из жизни Св. Антонино.

С правой стороны аркады находится дверь, ведущая в приют для странников, — Зал Оспицио, где когда-то размещались на ночлег паломники. В этом зале хранится алтарная картина Фра Анджелико «Снятие с креста» (около 1435-1440 гг.), а также «Мадонна Линайоли» (Мадонна льнопрядильщиков), которую заказала гильдия ткачей в 1433 году. 

С правой стороны от бывшей колокольни, во внутреннем дворике монастыря находится зал собраний Зал Капитула, украшенный фресками Фра Анджелико «Св. Доминик» и «Распятие» (1440 г.). 

Стену малой трапезной украшает фреска работы Доменико Гирландайо «Тайная вечеря» (около 1480 г.).

Одним из знаменитейших и живописнейших полотен эпохи Возрождения является «Благовещение» (около 1440 г.), выполненное Фра Анджелико, которое размещено на первом этаже монастыря.

К трем сторонам арочной галереи примыкают 44 кельи, украшенные фресками с изображением сцен из жизни Христа, выполненные Фра Анджелико и его помощниками в 1439-1445 гг. Фрески, находящиеся в кельях 1-11, являются работами Фра Анджелико. Еще одна восхитительная фреска этого знаменитого художника с изображением Мадонны со святыми находится на правой стене коридора.

Кельи 12-14 занимал доминиканский монах Савонарола, который в 1491 году стал настоятелем монастыря. Именно по распоряжению Савонарола были сожжены многие произведения искусства. На нем лежит ответственность за подстрекательство флорентинцев к восстанию против Медичи. В 1498 году Савонарола был объявлен еретиком, он был казнен на площади Синьории.

В конце третьего коридора находится помещение общественной библиотеки. Она была спроектирована архитектором Микелоццо в 1441 году по распоряжению Козимо Старшего.