Климат основной части страны характеризуется как экваториальный, влажный, однако в части регионов он больше похож на субэкваториальный.

В равнинных провинциях среднегодовая температура составляет около 26°С, а температура зимы и лета отличается друг от друга не более, чем на 3°С.

Поднимаясь в горы, стоит учесть, что температура здесь понижается в зависимости от высоты над уровнем моря: через каждые 100 м среднемесячная температура понижается на 1°С. Однако колебания в течение года здесь так же незначительны, как и на равнинных территориях. Однако на высоте свыше 1500 м иногда бывают заморозки.

Влажность в стране составляет около 80%. За год выпадает от 1800 мм до 3200 мм осадков в равнинных областях, а в высокогорных районах эта цифра равна 6100 мм.

В основной части Индонезии можно заметить смену двух сезонов: сухого и дождливого. Первый обычно наступает в апреле — мае и октябре — ноябре, а влажный сезон обычно бывает в ноябре — декабре и марте — апреле. Эти изменения объясняются сменой экваториальных муссонов. Сухой сезон характеризуется либо полным отсутствием дождей, либо очень малым количеством. Ливни здесь зачастую сопровождаются грозами.